Direktur dibantu dengan dua orang Wakil Direktur yaitu Wakil Direktur Administrasi Umum dan Keuangan dan Wakil Direktur Medik dan Keperawatan.
Selama perjalanannya Rumah Sakit Islam Banjarmasin dalam pengabdiannya jabatan Direktur beberapa kali mengalami penggantian sebagai berikut :
| Direktur | Periode |
| dr. H. Abu Hanifah MPH | Tahun 1974 – 1984 |
| dr. H. Mochlan Aham DTMH | Tahun 1984 – 1994 |
| drg. H. Muhammad Asj’ari | Tahun 1994 – 2001 |
| dr. H. Abimanyu, Sp. PD, KGEH | Tahun 2001 – 2003 |
| dr. H. Hasan Zain, Sp. P | Tahun 2004 – 2009 |
| dr. H. Mohamad Isa, Sp. P | Tahun 2009 – 2014 |
| dr. Hj. Rafiqah | Tahun 2014 – 2018 |
| drg. Hj. Eva Ariyani | Tahun 2019 – Sekarang |
